Avec l'outil pipette, je sélectionne la couleur de fond tout autour de la branche que je veux supprimer. Et ce en plusieurs endroits. ( entouré en rouge sur l'image )
La couleur de fond n'étant pas homogène, il faut restituer la couleur qui se trouve juste au-dessus ou en dessous de l'endroit que l'on veut effacer.

NB : dans le cas d'un fond uni, j'utilise l'outil forme rectangle, le 3ème du sous menu forme rectangle et on trace un rectangle qui occultera cette branche.

C'est plus simple et rapide, mais ce n'est pas toujours possible.

Un exemple ici :

Le jin est fini, je vais m'attaquer au feuillage.

A nouveau je sélectionne la couleur la plus claire du feuillage avec l'outil pipette dans la zone entourée en rouge et je commence à " tagger " le feuillage, pour boucher les trous, du moins là ou j'estime qu'il en manque.

En l'occurrence, ici sur le tronc au niveau de la cime et plus bas également.

Et lui donner une forme globale.

Pour finir, il s'agit de fignoler quelques détails, je raccourci le jin qui nait à l'intérieur de la courbe du tronc, et surtout je nettoie bien le surfaces qui présentent des salissures dues au travail.

Mon projet est fini, mais je me dis qu'avec une branche un rien plus longue sur la gauche,
je garde l'esprit de l'arbre mais aussi je lui donne un peu plus de dynamisme.

Et un deuxième virtuel !

Voilà, ce virtuel m'a pris au plus 10 minutes au plus pour le réaliser et je crie fort quand je dis 10 minutes.

Ce n'est pas un chef-d'oeuvre mais mon idée est clairement exprimée.

Je vous conseille vivement de vous essayer aux virtuels, ça ouvre les portes de l'esprit et votre vision esthétique du bonsai ne peut aller qu'en s'améliorant.

A votre Paint ! 

Oui, c'est possible de changer la position de l'arbre, mais pas des branches.

Pour cela, il faudrait découper la branche et Paint n'offre pas cette possibilité. Il vaut mieux pour cela s'en retourner vers photoshop ou assimilés.

Pour changer la position de l'arbre c'est aussi limité. dans le menu image tu as soit retourner horizontalement ou verticalement ou soit faire pivoter de 80 °, 180° ou 270 °.

Si tu veux le pivoter de quelques degrés ce ne sera pas possible.

Perso, pour les inclinaisons, j'utilise XnView http://www.xnview.com/fr/download.html, c'est gratuit aussi et tu redimensionner ton image, corriger les niveaux et contrastes automatiques, éclaircir et bien d'autres choses.

Mais qui ne te serviront pas à proprement parler pour réaliser un virtuel, mais bien pour poster tes photos au bon poids et aux bonnes dimensions et retoucher l'aspect global de ton image.

Bravo et merci Roberto,
Enfin quelque chose de concert, clair, net et précis (bien que pas bonsai) qui va agrémenter la lecture des post.

Avec ce Tuto, plus d'excuse, comme dit ma mémé,  la photo ressemble au sujet et pas l'inverse. 

L'avenir appartient au jeunes , barnabé. Et bonjour à ta mémé.

Rien de tel qu'un dimanche à la campagne pour dévaster les clôtures et ligaturer ses arbres la semaine... (Proverbe Bonsaï-ka)

Comme quoi avec des choses simples, on peut aussi faire du très réussi.
Ma mémé à moi n'aurait pas dit mieux ! 
Merci Roberto